Une équipe franco-guinéenne dont des scientifiques de l’UMR TRANSVIHMI vient de démontrer que le matériel génomique du SARS-CoV-2 peut être isolé à partir de tests de diagnostic rapide COVID-19. Cette avancée pourra sans nul doute être étendue au suivi d’autres épidémies virales. Ces résultats sont publiés dans Virology Journal.

Les scientifiques ont eu l'idée de réutiliser des tests de diagnostic rapide pour extraire l'ARN du virus COVID-19, ce qui pourrait aboutir à un outil de suivi de l'épidémie utilisable même dans des zones éloignées dépourvues d'infrastructures technologiques.

Approches innovantes pour la surveillance des maladies infectieuses émergentes

Pour lutter contre les maladies infectieuses émergentes, il convient de surveiller l’évolution des épidémies. Lors de l’épidémie de COVID-19, l’utilisation massive de tests de diagnostic rapide (TDR) sous forme de cassettes à usage unique a contribué à réduire la circulation du virus grâce à l’identification des patients infectés. Pour autant, la surveillance génomique est nécessaire afin de connaître les différents variants, leur impact sur la transmissibilité, leur virulence ainsi que l’efficacité des vaccins et traitements. « Qu'il s'agisse de surveillance diagnostique ou génomique, il est nécessaire de prélever des échantillons, explique Ahidjo Ayouba, virologue à l’IRD (UMI TRANSVIHMI). Les écouvillons nasopharyngés, conservés dans des tubes contenant un milieu approprié, ont été largement plébiscités par les spécialistes. » Le problème qui se pose ensuite concerne la conservation de ces écouvillons et leur usage ultérieurs à des fins génomiques, en particulier dans les pays ne disposent pas d’outils de séquençage dans chaque laboratoire. « Pour trouver un moyen alternatif de collecter des échantillons pour la surveillance moléculaire du SARS-CoV-2, nous avons décidé de comparer les résultats de la PCR¹ réalisée soit sur l’échantillon prélevé sur écouvillon nasopharyngé soit collecté à partir de TDR COVID-19 déjà utilisées pour diagnostiquer les mêmes patients », ajoute le chercheur.

Etude prospective transversale en Guinée

En Guinée, en réponse à la propagation rapide du SARS-CoV2 au sein de la population, le ministère de la Santé avait préconisé l’utilisation des TDR lors de campagnes de dépistage car facile à déployer même dans les coins les plus reculés du pays. L’équipe franco-guinéenne a donc pu disposer des deux types d’échantillons relatifs à des patients admis dans des centres de traitement et des sites de prélèvement de la capitale², Conakry. L’objectif principal de cette étude était de démontrer que de l’ARN viral peut être extrait des tests de diagnostic rapide, couramment utilisés pour le dépistage du SARS-CoV-2. Les cassettes positives et négatives, ainsi que les échantillons nasopharyngés de 121 patients, ont été traités par PCR au laboratoire de virologie moléculaire du Centre de Recherche et de Formation en Infectiologie de Guinée (CERFIG). « Les résultats sont concluants, affirme Alpha Kabinet Keita, médecin virologue et chercheur au CERFIG. Par rapport à celles de la PCR réalisée sur les échantillons nasopharyngés, la sensibilité et la spécificité de la PCR sur bandelettes TDR sont estimées respectivement à 100 % et 85,96 %. »

Résultats positifs à confirmer dans différents contextes

Ayant démontré que les tests de diagnostic rapide COVID-19 réalisés sur des patients sont une source fiable de matériel biologique pour la surveillance génomique du SARS-CoV-2, les auteurs avancent que « cette approche facilite la décentralisation de l’échantillonnage dans les régions rurales et étend la couverture de surveillance de la circulation du virus dans des zones généralement inaccessibles à la technologie de diagnostic moléculaire ». Ils restent toutefois prudents sur les effets potentiels des conditions dans lesquelles sont conservés les échantillons : « Bien que l’utilisation de bandelettes de diagnostic rapide comme source d’acide nucléique soit une approche innovante et bien adaptée aux pays à faibles ressources, leurs conditions de stockage pourraient avoir un impact sur la qualité biologique des échantillons ». Dans cette étude, les bandelettes ont été stockées à température ambiante, mais l’effet de la durée de stockage sur la qualité des échantillons n’a pas encore été évalué.

Notes :

1. Technique de biologie moléculaire qui amplifie le matériel vivant dans un échantillon afin d’en optimiser la détection
2. Centre de traitement des épidémies de Gbessia, Centre médical municipal de Matam et Centre de Recherche et de Formation en Infectiologie de Guinée (CERFIG)

Publication : Keita A. K., Mbaye A., Soumah A. K., Kadio Kjjo, Diallo H., Gnimadi T. A. C., Koivogui J. B., Povogui M. K., Monemou J. L., Traore B., Vidal N., Guichet E., Ayouba A., Delaporte E., Peeters M., Toure A., Keita A. K., Afroscreen Team 2024. Use of strips of rapid diagnostic tests as a source of ribonucleic acid for genomic surveillance of viruses : an example of SARS-CoV-2. Virology Journal, 21 (1), 171 [9 p.] https://doi.org/10.1186/s12985-024-02442-7

Contacts science : Alpha K. Keita, TRANSVIHMI et CERFIG (Conakry, Guinée), alpha-kabinet.keita@ird.fr

Ahidjo Ayouba, IRD, TRANSVIHMI ahidjo.ayouba@ird.fr

Contacts communication : Fabienne Doumenge, Julie Sansoulet communication.occitanie@ird.fr

Source : https://www.ird.fr/les-tests-d...