Dans le cadre d'un consortium de recherche sur l'olivier, des scientifiques marocains et français - dont une équipe de l’UMR DIADE – se sont penchés sur les populations sauvages et cultivées de cet arbre emblématique du bassin méditerranéen. Leurs travaux, publiés dans PLOS One, apportent la preuve génétique de la coexistence des deux types d’oliviers.

Impossible de distinguer à l’œil nu un olivier sauvage d’un olivier cultivé car il n’y a aucune différence morphologique facilement observable. Seul leur ADN peut les départager.

L’olivier et le bassin méditerranéen, une longue histoire

Scientifiques, éleveurs et agriculteurs savent que les plantes cultivées et animaux domestiqués peuvent encore mélanger leurs gènes avec leurs parents sauvages mais le phénomène est encore mal compris chez les végétaux à longue durée de vie, tels que les arbres. L’olivier^? est un arbre emblématique du bassin méditerranéen qui peut vivre plusieurs centaines à plusieurs milliers d’années. Présent^? dans la région depuis plus de 5 millions d’années, il aurait été domestiqué^? il y a près de 6000 ans dans l’ouest du bassin méditerranéen^?. Dans l’objectif de mieux comprendre - entre autres - les facteurs biologiques permettant d'améliorer la durabilité de l'oléiculture, le projet ClimOliveMed s’est penché sur la caractérisation génétique de populations spontanées d'oliviers dans l'ouest du bassin méditerranéen. ClimOlivMed rassemble divers acteurs de la recherche et des partenaires publics et privés du secteur oléicole international. « Nous cherchions à répondre à trois questions : (1) Quelle est la structure génétique des populations d’oliviers spontanés ; (2) Sont-ils des individus sauvages ? ; (3) Y a-t-il des flux de gènes entre arbres cultivés et sauvages dans cette région ? », annonce Bouchaib Khadari, coordinateur scientifique du projet, chercheur au Conservatoire Botanique National Méditerranéen de Porquerolle et chercheur associé détaché au Cirad et à l’INRAE (AGAP Institut).

Plus de 500 individus séquencés le long d’un gradient nord-sud

Les scientifiques ont donc collecté des feuilles d’oliviers dans 27 sites supposés abriter des individus sauvages et situés dans le sud de la France (dont la Corse), l’Espagne et le Maroc. Mais l’étude ne serait pas complète sans un échantillon représentatif de la diversité cultivée. « Au total, énumère Philippe Cubry, chercheur en génétique des populations à l’IRD, nous avons analysé 520 individus, dont 145 cultivars d’Espagne, France et Maroc auxquels s’ajoutent 362 arbres sauvages de 27 populations différentes et 13 autres individus sauvages de Turquie. » Appliquées à ces échantillons, les techniques de génomique des populations ont permis aux auteurs de l’étude d’identifier clairement de véritables oliviers sauvages dans toute leur aire de répartition naturelle le long d'un gradient nord-sud, y compris, pour la première fois, dans le sud de la France (à Mont-Boron, sur la commune de Nice et près de Leucate, dans l’Aude). Par contre, elles révèlent des surprises inattendues.

Flux de gènes entre oliviers cultivés et sauvages

« Contrairement à notre hypothèse de départ, nous avons trouvé la trace d’introgressions (réintroduction de gènes de plante cultivée) dans les arbres sauvages, souligne Lison Zunino, doctorante co-encadrée par Philippe Cubry et qui soutient sa thèse cette fin d’année. Nos résultats soulèvent des questions concernant le modèle d'évolution des populations mixtes dans cet environnement, qui pourrait être facilité par le flux de gènes des cultures vers la nature. » Les schémas observés montrent que ces flux de gènes existent dans les deux sens : des arbres cultivés vers les sauvages mais aussi des arbres sauvages vers les cultivés ou mixtes. Les auteurs explorent les mécanismes sous-jacents à ce flux de gènes et suggèrent que les individus mixtes pourraient recéler un meilleur potentiel d’adaptation à leur environnement. Ces résultats ouvrent la voie à des études futures visant à accompagner les acteurs de la filière oléicole à concevoir et gérer des stratégies d'adaptation des oliviers face au changement global. Sans oublier de protéger les populations d’arbres totalement sauvages, ressources génétiques irremplaçables.

Publication : Zunino, L, Cubry, P, Sarah, G, Mournet, P, El Bakkali, A, Aqbouch, L, Sidibé-Bocs, S, Costes, E, Khadari, B. 2023. Genomic evidence of genuine wild versus admixed olive populations evolving in the same natural environments in western Mediterranean Basin. PLOS One. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0295043

Contacts science : Philippe Cubry, IRD, DIADE PHILIPPE.CUBRY@IRD.FR 

Bouchaib Khadari, CIRAD, AGAP Institut BOUCHAIB.KHADARI@CIRAD.FR

Contacts communication : Fabienne Doumenge, Julie Sansoulet COMMUNICATION@IRD.FR 

Source : https://www.ird.fr/oliviers-sa...